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Polyxena von Lobkowicz (auch Polyxena Popel von Lobkowitz; geboren als Polyxena von Pernstein; in erster Ehe Polyxena von Rosenberg; tschechisch Polyxena Lobkovická z Pernštejna; vorher Polyxena Rožmberská z Pernštejna; * 1566; † 24. Mai 1642) war eine böhmische Adelige. Sie entstammte dem mährisch-böhmischen Adelsgeschlecht der Herren von Pernstein. Durch die Geburt ihres Sohnes Wenzel Eusebius von Lobkowicz wurde sie nach dem Erlöschen weiterer Familienzweige Stammmutter aller Lobkowitzer. Wie ihre Eltern war sie eine überzeugte Katholikin und unterstützte deshalb die Jesuiten und die Rekatholisierung in Böhmen.